在企业的日常运营中，准确记录和归类各项支出是财务管理的重要环节。对于运输公司而言，其核心业务就是提供货物或人员的运输服务。因此，在会计核算过程中，运输费用的分类显得尤为重要。

通常情况下，运输公司所发生的运输费用主要包括燃油费、过路费、车辆维修保养费、司机工资以及与运输直接相关的其他成本。这些费用应当被合理地归入相应的会计科目，以便于企业进行成本核算和财务分析。

根据我国现行的企业会计准则，运输公司发生的运输费用一般应计入“主营业务成本”科目。这是因为运输服务属于公司的主营业务，而与之相关的费用自然应当归属于主营业务成本。具体来说：

1. 燃油费：可以归入“主营业务成本—燃料费”。

2. 过路费：可列入“主营业务成本—通行费”。

3. 车辆维修保养费：属于“主营业务成本—修理费”。

4. 司机工资：如果司机的工资是专用于运输任务，则应计入“主营业务成本—人工成本”。

此外，还有一些间接费用可能需要通过分配方式计入主营业务成本，例如办公场所租金、管理人员薪酬等。这类费用通常先归集到“管理费用”或“制造费用”科目下，然后按照一定比例分摊至各相关业务部门。

需要注意的是，不同类型的运输公司可能会存在差异化的会计处理方法。例如，从事长途货运的企业可能还会涉及更多的专项费用；而城市内短途配送公司则更侧重于仓储管理等方面的开支。因此，在实际操作中，企业应当结合自身实际情况制定适合自己的会计政策，并确保符合相关法律法规的要求。

总之，正确地将运输费用计入适当的会计科目不仅有助于清晰反映企业的经营状况，还能为管理层提供可靠的数据支持，从而更好地指导决策和发展战略。