故事发生在荆州城内，玩家扮演的主角在城中游历时，偶然听到了关于一条神秘灵蛇的传闻。据说这条灵蛇拥有不可思议的力量，能够预知未来，甚至能影响人的命运。许多居民对此半信半疑，但也有不少人相信并试图寻找这条灵蛇。

随着剧情的推进，主角得知这不仅仅是一个普通的民间传说，而是与更大的阴谋息息相关。荆州城的灵蛇事件牵涉到一个古老的秘密，这个秘密关系到整个世界的平衡。为了揭开真相，主角不得不深入调查，与城中的各种人物展开对话，收集线索。

在这个过程中，玩家需要做出一系列的选择，这些选择将直接影响后续的剧情发展。例如，玩家可以选择帮助一位老者寻找灵蛇，以换取他提供的关键信息；或者选择无视这些传闻，继续自己的旅程。每一种选择都会带来不同的结果，使得游戏具有很高的重玩价值。

最终，主角通过不懈的努力，揭开了灵蛇事件背后的真相。原来，这条灵蛇并非普通的生物，而是一位被封印的上古神兽。它的存在是为了守护某种重要的力量，但随着时间的推移，这种力量逐渐被邪恶势力觊觎。主角必须与伙伴们联手，对抗那些企图利用灵蛇力量作恶的人，保护荆州城乃至整个世界的和平。

荆州城的灵蛇事件不仅是游戏中的一个精彩章节，更是对人性、正义与勇气的深刻探讨。它提醒玩家，在面对未知时，既要保持好奇心，也要谨慎行事，以免误入歧途。这一情节至今仍让许多玩家津津乐道，成为《仙剑奇侠传2》中最令人难忘的部分之一。