【miRBase数据库简介ppt课件】miRBase数据库简介
副小分子RNA的权威资源平台
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日期：2025年4月
第二页：目录
1. 什么是miRBase？
2. miRBase的发展历程
3. miRBase的主要功能与内容
4. miRBase的数据结构与分类
5. miRBase的应用场景
6. miRBase的使用方法与访问方式
7. 总结与展望
第三页：什么是miRBase？
miRBase 是一个专门收录和注释小分子非编码RNA（尤其是微小RNA，即microRNA）的数据库。
- 主要目标：为研究人员提供一个全面、准确、标准化的miRNA信息资源。
- 涵盖包括miRNA的序列、基因位置、靶基因、表达模式等。
- 适用对象：生物信息学研究者、分子生物学工作者、基因组学研究者等。
第四页：miRBase的发展历程
- 起源：由欧洲分子生物学实验室（EMBL）于2004年首次发布。
- 发展过程：
- 初期以miRNA的序列和命名为主。
- 随着研究深入，逐步扩展到更多物种和更详细的功能注释。
- 当前版本：截至2025年，miRBase已更新至第30版，包含超过40,000个miRNA记录。
第五页：miRBase的主要功能与内容
- miRNA序列数据：提供所有已知miRNA的成熟序列和前体序列。
- 基因注释信息：包括miRNA的宿主基因、染色体位置等。
- 靶基因预测：整合多个算法预测miRNA可能调控的mRNA。
- 表达数据：部分版本中包含不同组织或条件下的表达水平信息。
- 文献引用：每个miRNA条目均附有相关研究文献链接。
第六页：miRBase的数据结构与分类
- 数据格式：
- FASTA格式：用于存储miRNA序列。
- GFF格式：用于描述基因组位置信息。
- XML格式：用于结构化数据存储。
- 分类方式：
- 按物种分类：如人类、小鼠、大鼠、果蝇等。
- 按miRNA类型分类：如pre-miRNA、mature miRNA等。
- 按功能分类：如调控因子、信号通路相关等。
第七页：miRBase的应用场景
- 基础研究：用于探索miRNA在基因调控中的作用机制。
- 疾病研究：分析miRNA在癌症、心血管疾病等中的表达变化。
- 药物开发：作为潜在的治疗靶点或生物标志物。
- 生物信息学分析：用于构建调控网络、进行差异表达分析等。
第八页：miRBase的使用方法与访问方式
- 官方网站：[https://www.mirbase.org](https://www.mirbase.org)
- 访问方式：
- 直接浏览网页，搜索特定miRNA或物种。
- 下载数据文件（如FASTA、GFF等）。
- API接口：支持程序化访问，便于集成到其他系统中。
- 软件工具：可结合Bioconductor、R语言包等进行数据分析。
第九页：总结与展望
- miRBase是目前最权威的小RNA数据库之一，具有高度的准确性和广泛的应用价值。
- 随着高通量测序技术的发展，miRBase将持续更新，涵盖更多物种和更丰富的功能信息。
- 未来发展方向：整合多组学数据、提升预测准确性、加强用户交互体验等。
第十页：参考文献
1. Griffiths-Jones S, et al. (2008). The microRNA Registry. Nucleic Acids Res.
2. miRBase官网文档及更新日志
3. 相关miRNA研究论文与综述文章
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